Les îles de l’Union des Comores disposent de ports primaires et secondaires situés à des dizaines de kilomètres entre eux. Les côtes les plus rapprochées des îles accusent respectivement des distances de 70km entre Mohéli et Grande Comore, et 60km entre Mohéli et Anjouan. Plus de 100km séparent les côtes d’Anjouan des côtes de la Grande Comore.
De petites barques motorisées font les traversées maritimes inter-îles en environ deux heures, et assurent le transport de passagers et de marchandises vivrières. 66.000 voyageurs maritimes effectuent les traversées inter-îles annuellement. Environ 250 personnes par jour empruntent, dans des conditions peu sûres, les vedettes rapides entre Chindini et Hoani à Mohéli et Ourévini et le marché Dodin à Anjouan. Environ 200 passagers font la traversée entre le port Mutsamudu et le port de Moroni à bord d’un bateau d’une société privée offrant une liaison hebdomadaire.