L’Union des Comores se trouve sur l’autoroute maritime reliant l’Afrique du Sud, le Mozambique, la Tanzanie et le Kenya et voit passer plus de 6.000 navires dans la zone annuellement. Plus de 60.000 croisiéristes ont fait escale à Port Louis en 2018. Le pays ne profite pas de ce flux maritime important en raison des limites structurelles des ports commerciaux de chaque île.

Les îles sont situées à des dizaines de kilomètres entre elles. Environ 90km séparent le port de Moroni en Grande Comore du port de Fomboni à Mohéli et 70km séparent le port de Fomboni et de celui de Mutsamudu à Anjouan.